O santo fundador da Ordem dos Frades Menores, faleceu em outubro de 1226 e, menos de dois anos mais tarde, o Papa Gregório IX declarou-o santo. No dia seguinte, o mesmo Papa lançou a pedra fundamental para a Basílica de São Francisco de Assis, de pé até hoje.
Isto é onde as coisas começam a ficar um pouco confusas sobre o seu corpo. Algumas fontes dizem que um frade responsável pela construção da basílica secretamente escondeu seu corpo em uma parte da igreja para protegê-lo de possíveis invasores sarracenos. Outras fontes dizem que o corpo de Francisco não foi escondido até o século XV, a fim de protegê-lo de combates entre as famílias italianas.
Por volta do século XIX, de qualquer forma, ninguém tinha certeza de onde o corpo do santo tinha ido parar, e ninguém tinha conhecimento disso há séculos.
No início de 1800, o Papa Pio VII deu aos católicos permissão para procurar o corpo. Bastante confiante de que o corpo estava em algum lugar na basílica, a equipe removeu parte do piso da igreja principal e encontrou uma série de barras de ferro, semelhantes aos que eram comum para proteger os túmulos no século XIII. Depois que toda a área foi escavada, e foi sob uma grande quantidade de pedra e através de um túnel que eles encontraram os restos de São Francisco.
O santo, no entanto, não estava sozinho. Com seu corpo estavam alguns objetos: 12 moedas de prata, 29 grânulos, um anel, um pedaço de ferro, e uma pedra sobre a qual a cabeça de Francisco estava descansando.
Não está claro o que esses objetos significavam. Uma fonte diz que as moedas estavam lá para ajudar a identificar a data do túmulo. Outros têm uma interpretação mais sinistra, alegando que o frade que selou o túmulo de Francisco era um alquimista e que os objetos eram parte de algum tipo de ritual pagão antigo. O fato de que alguns desses objetos terem desaparecidos de encontrados incentiva interpretações conspiratórias.
De qualquer maneira, o corpo de São Francisco foi transferido para um túmulo público dentro da basílica, que é aberta aos peregrinos, para veneração.
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